La Misión del Museo de Arte Colonial San Francisco es la evangelización y la difusión de la espiritualidad cristiana, católica y franciscana mediante las distintas formas de arte y cultura. Para cumplir la misión se llevará a cabo la difusión, exposición, preservación, cuidado y custodia de las obras de arte y de los objetos preciosos que componen el patrimonio propio o encomendado al cuidado de este organismo. El Museo será, a la vez, un lugar orientado a la promoción de la cultura en sus distintas manifestaciones, en especial en favor de las personas de más escasos recursos.

En el espíritu de su misión y buscando un diálogo fraterno con todos, será también un lugar destinado a la exhibición de distintas manifestaciones de arte, en especial para aquellos que no cuentan con un espacio, previa autorización del Directorio.