El 20 de agosto de 1553 llega a territorio chileno un grupo de cinco franciscanos, quienes llegaron a ocupar el convento de la virgen y mártir a los pies del cerro Huelén actual cerro Santa Lucía. Luego le obsequiaron un territorio al lado de la cañada para resguardar la virgen del Perpetuo Socorro junto, con la condición que jamás se quite del altar mayor de la iglesia que posteriormente fue construida y que vemos en pie hasta nuestros días.
La construcción del claustro mayor al costado de la Iglesia San Francisco finalizó en el año 1623. La orden franciscana tomó tanta popularidad que en el año 1657 habitaban ciento veinte frailes en el convento de San Francisco siendo un lugar de magnífica arquitectura y una gran religiosidad. En 1684 se termina en Perú bajo el taller del artista Basilio Santa Cruz la serie de cuadros sobre la vida de San Francisco de Asís para adornar las paredes de este gran claustro.
Durante el siglo XVIII los terrenos franciscanos se extendieron y 3 años después se crea un espacio de exhibición del patrimonio franciscano, conformándose así el 4 de octubre de 1969 el Museo de Arte Colonial de San Francisco, entregando a sus visitantes la colección de arte colonial mejor conservada en Sudamérica.
Actualmente el museo recibe a todas las comunidades y dada su importancia patrimonial realiza visitas durante todo el año; no tan solo instruye a los estudiantes y a su población, sino que también les hace reconocer su propia historia y su herencia albergadas en estas paredes que no únicamente gozan de arte pictórico, también de prosas de la mano de la gran poetisa Gabriela Mistral, de arquitectura debido al primer arquitecto de chile Fermin Vivaceta, de historia gracias a la Virgen del Socorro traída por Valdivia y de un verdadero pulmón verde para los capitalinos por causa de su jardín central con su exótica flora y fauna
que yace bajo la protección de la imagen de San Francisco.
Museo San Francisco, 400 años de arte, espiritualidad e historia.
